가입폼 관리 질문입니다.

가능하죠.
스킨단에서 js를 통해
1. 두 개가 체크되었을 때 해당 변수의 체크박스 모두를 disabled 처리. 두 개 중 체크가 하나 이상 해제되면 disabled 처리 무효화. 참고 : https://jsfiddle.net/3zbs61q5/4/
2. 등록 시에 유효성 검증에 끼어들어서 두 개 이하까지 체크됐을 때만 통과. 아니면 alert 띄우고 중지
이런 식이 되겠죠.