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찾으시는 답은 아니지만.. 저도 비슷한거땜에 고민이라.. 이것저것 해보다가..
emoticon2/tpl 폴더의 popup.css 파일의 19번째줄
.clear{display:block;position:relative;clear:both;} 라고 되어있는 부분에 overflow:auto; 를 추가해서
.clear{display:block;position:relative;clear:both;overflow:auto;} 로 만들면

이모티콘그룹 선택하는 줄은 일단 맨위에 한줄만 표시되고, 옆쪽에 새로생기는 스크롤바로 2,3번째줄꺼를 선택할수 있어요.
가로스크롤이 되면 좋을꺼같았는데... 그런건 제 능력밖이라 패스..