남는 메모리는 사용할 곳이 없나요..?

top 상위권에 DB가 안 보이네요. DB서버는 따로인가요?

대체로 메모리를 적당히 사용해 줘야 CPU의 부담이 줄어듭니다.
동일한 데이터를 반복 연산하거나 디스크에서 불러와서 처리할 필요 없이
메모리에 적재해 놓고 바로바로 불러쓸 수 있게 되니까요.

문제의 서버는 php, DB 등이 메모리를 별로 사용하지 않도록 튜닝되어 있거나
(opcache 사용하고 계신가요? memcache는요? DB에는 메모리가 얼마나 할당되어 있는지...)
CPU에 부담을 많이 주는 모듈이나 애드온을 사용하고 계신 것 같네요.
간단한 애드온 하나가 CPU 점유율 20%을 좌우하기도 합니다.

CPU 코어수에 비해 php5-fpm 프로세스 숫자가 지나치게 많을 수도 있고
(이것도 설정할 수 있는 부분입니다. 제대로 설정되지 않은 서버는 뭔 짓을 해도 이상하지 않습니다...)
기본적으로 php5는 php7보다 CPU 사용량이 2배 높다는 점도 기억하셔야 하고요.